A escola de samba Independente da Praça da Bandeira nasceu em 2001, a partir da união entre a Arrastão de São João e o bloco carnavalesco Independente da Praça da Bandeira, ambos do município de São João de Meriti, na Baixada Fluminense. A força e a tradição do bloco no bairro Praça da Bandeira foram decisivas para a escolha do novo nome, marcando o início de uma nova fase no carnaval da cidade.
Logo no primeiro ano de desfile com a nova identidade, a escola mostrou sua força. Foi campeã em 2002, 2003 e 2004, vencendo sucessivamente os grupos E, D e C, e garantindo uma rápida ascensão ao Grupo de Acesso B, onde estreou em 2005. Entre 2005 e 2009, apresentou seus sambas na Marquês de Sapucaí, sendo destaque em 2008 com o enredo sobre o circo, quando conquistou sua melhor colocação no grupo: 6º lugar, sob o comando do intérprete Leléu.
Naquele mesmo ano, o então presidente Francisco Pereira Melo, o Dom Chico, ganhou visibilidade na imprensa, sendo comparado ao personagem “Juvenal Antena” da novela Duas Caras, por sua liderança na comunidade e sua semelhança com o ator Antônio Fagundes.
Em 2009, a escola apresentou um enredo sobre a história e a cultura do Rio de Janeiro, mas acabou rebaixada. No ano seguinte, passou por uma fusão com a Unidos do Coqueiro e desfilou com um novo nome: Independente de São João de Meriti. Em 2010, já na Intendente Magalhães, levou à avenida um enredo sobre a ascensão social do povo negro e celebrou a eleição de Barack Obama à presidência dos Estados Unidos. O desfile rendeu o título do Grupo C e o retorno à Sapucaí em 2011. No entanto, o resultado daquele ano foi o penúltimo lugar no Grupo B, o que levou a escola a encerrar suas atividades e se licenciar oficialmente da AESCRJ.
Em 2012, a agremiação voltou a se apresentar como bloco carnavalesco em São João de Meriti. Muitos de seus integrantes, incluindo o ex-presidente Dom Chico, participaram da criação da escola Alegria do Vilar.
A volta oficial da Independente da Praça da Bandeira ao carnaval carioca aconteceu em 2018, com filiação à LIESB. Recomeçando no Grupo E, a escola foi uma das três melhores colocadas e garantiu o acesso ao Grupo D. Em 2019, desfilou com o enredo sobre a história de São João de Meriti a partir da presença negra no município, com samba assinado por Diego Chocolate e Charles Silva. No ano seguinte, com a fusão dos grupos e reestruturação da LIESB, a escola subiu para a Série Prata. Nesse novo ciclo, manteve sua ligação com a temática afro e com a história de São João de Meriti, fortalecendo ainda mais sua identidade.